Tiền thân của Đại học Kobe là Trường Cao đẳng Thương mại Kobe (神戸高等商業学校 Kōbe kōtō shōgyō gakkō) thành lập năm Minh Trị thứ 35 (1902). Hiệu trưởng đầu tiên của nhà trường là ngài Tetsuya Mizushima (水島銕也, 1864—1928). Trường được đổi tên hai lần vào năm 1929 thành Đại học Thương mại Kobe (神戸商業大学 Kōbe shōgyō daigaku) vào năm 1944 thành Đại học Kinh tế Kobe (神戸経済大学 Kōbe keizai daigaku).[2]

Sau khi kết thúc Chiến tranh thế giới thứ hai, vào năm Chiêu Hoà thứ 29 (1949), dưới hệ thống giáo dục mới của chính phủ Nhật Bản, Đại học Kobe được chính thức thành lập trên cơ sở sáp nhập Đại học Kinh tế Kobe với Trường Trung học tỉnh Hyogo, Trường Trung học Himeji và Trường Cao đẳng Kỹ thuật Kobe.[3]